Vào tháng 1 năm 1999, Baba được đưa vào viện và phải nằm viện một thời gian. Ông đã xem trận đấu vật cuối cùng của mình vào ngày 22 tháng 1, giữa Toshiaki Kawada đánh bại Mitsuharu Misawa cho chức vô địch hạng nặng Triple Crown. Chín ngày sau, ngày 31 tháng 1, Baba mất vì suy gan do biến chứng ung thư ruột kết vào khoảng 16:04 theo giờ địa phương tại Bệnh viện Đại học Y Tokyo. Ông thọ 61 tuổi. Có mặt tại giường bệnh khi ông qua đời bao gồm vợ, chị gái, cháu gái, và Sachiko - phát thanh viên võ đài và trọng tài chuyên nghiệp Kyohei Wada.

Baba đã biết về chẩn đoán mình bị mắc bệnh ung thư ít nhất là từ một năm trước khi mất. Nhưng khi đó, ông đã giữ bí mật, không muốn mọi người phải lo lắng cho tình trạng sức khỏe của mình. Ba nhân viên thân cận của Baba, gồm Jumbo Tsuruta, Mitsuharu Misawa và Joe Higuchi đều không biết gì cho đến khi ông qua đời.

Đám tang của Baba bị hoãn do thực tế họ không thể tìm được chiếc quan tài nào vừa so với cơ thể ông. Một dịch vụ tưởng niệm đã được tổ chức công khai vào ngày 17 tháng 4 năm 1999 tại Nippon Budokan, một ngày sau chung kết Carnival 1999. Hơn 28 000 người đã tham dự, bao gồm cả các đô vật thuộc All Japan và vợ và gia đình Baba. Thi hài ông sau đó được hỏa táng và ngôi mộ ông được đặt tại Honmatsuji, thành phố Akashi, tỉnh Hyogo.